GENETICKÉ LABORATOŘE GENNET
Naším cílem je úspěšný výsledek léčby, proto používáme to nejmodernější technické vybavení. Zjistěte, co všechno s ním dokážeme.
Sekvenátory nové generace (NGS)
Přístroje pro sekvenování nové generace (NGS – Next Generation Sequencing) rozšiřují naše možnosti DNA diagnostiky. Můžeme s nimi totiž vyšetřit až tisíce genů u více pacientů najednou. Tak jsme schopni dokončit celé genetické vyšetření ve velmi krátkém čase, což je důležité např. pro plánovanou operaci nebo výběr terapie nádorového onemocnění. V našem sekvenačním centru máme celkem 4 sekvenátory od firmy Illumina:
- 2x NextSeq 550
- 2x MiSeq
K čemu přístroje využíváme?
- Testujeme dispozice k nádorovým onemocněním onkopanelem CZECANCA (226 genů).
- Prekoncepční testování dispozic k dědičným chorobám a zjišťujeme genetickou kompatibilitu páru CarrierTest (80 genů).
- Neinvazivně vyšetřujeme chromozomální vady plodu z krve matky, především Downův syndrom (NIPT – cfDNA test kliniky GENNET).
- Provádíme preimplantační genetické testování (PGT) embryí.
- Sekvenujeme až 20 tisíc genů v rámci vyšetření klinického exomu prenatálně i postnatálně.
![MiSeq](/thumbs/c/6/5/c6558ce7b658211f4dacc55e3be2cbbc/gi8a9829-524x449.jpg)
![NextSeq 550](/thumbs/7/2/9/7296214589d34207b4910fa2da92d5e4/gi8a9771-524x449.jpg)
![NextSeq 550](/thumbs/b/2/7/b27fe77bd0a41aed165dd5ed1bb24d4c/gi8a9786-524x449.jpg)
Robotické pipetovací stanice
Robotické pipetovací stanice jsou automaty pro přípravu knihoven vzorků DNA k sekvenování nové generace (NGS – Next Generation Sequencing). Proces je automatický, což snižuje riziko chyby nebo znehodnocení vzorku a současně zrychluje vyšetření, neboť má vysokou kapacitu až pro 96 vzorků v jednom běhu přístroje a zkracuje dobu přípravy požadované knihovny. Systémy mohou posloužit pro mnoho NGS aplikací včetně celogenomového sekvenování, sekvenování RNA, cíleného a amplikonového sekvenování.
V současnosti využíváme k přípravě NGS knihoven tyto automaty:
- Sciclone NGS Workstation (f. PerkinElmer)
- Hamilton Microlab Star (f. Hamilton)
- Apollo 324 NGS library prep (f. Wafergen)
![Apollo 324 NGS library prep (f.Wafergen)](/thumbs/3/7/e/37e39d4338d45fd11c0788258c321dcd/gi8a9820-524x449.jpg)
![Hamilton Microlab Star (f.Hamilton)](/thumbs/0/3/4/03463418b94589c1615179a0fe210c73/gi8a9677-524x449.jpg)
![Hamilton Microlab Star (f.Hamilton)](/thumbs/d/3/9/d393bf8d831638b5ec260dae7d288637/gi8a9681-524x449.jpg)
![Hamilton Microlab Star (f.Hamilton)](/thumbs/b/3/4/b3495754e294584fd0475035cb28e7da/gi8a9714-524x449.jpg)
Automatické izolátory nukleových kyselin
V laboratořích pracujeme s plně automatickými systémy pro izolaci DNA z periferní krve a pro izolaci cfDNA (cell free, volné DNA) z krevní plazmy těhotných žen v rámci neinvazivního prenatálního vyšetření chromozomálních vad plodu (cfDNA test kliniky GENNET). Automaty splňují náročné požadavky pro izolaci nukleových kyselin a umožňují získat a izolovat DNA až 96 vzorků najednou. Tím se celý proces zrychlí a zvýší se kvalita následných genetických vyšetření.
Využíváme tyto izolátory:
- QIA Symphony SP DNA Preparation System (f. Qiagene)
- MagCore Super (f. RBC Bioscience)
![MagCore Super (f. RBC Bioscience)](/thumbs/f/9/2/f9266d9f087d9c441570b0a59481299a/gi8a9537-524x449.jpg)
![MagCore Super (f. RBC Bioscience)](/thumbs/7/f/1/7f18894684fbc252fee6315faa4aff5c/gi8a9566-524x449.jpg)
![MagCore Super (f. RBC Bioscience)](/thumbs/5/7/5/5757c1e7f1e62a5ed45292d78778fb11/gi8a9601-524x449.jpg)
![QIA Symphony SP DNA Preparation System (f. Qiagene)](/thumbs/5/b/d/5bd37a725857a1ebde24b8e3112c7330/gi8a9667-524x449.jpg)
Přístroje pro real-time PCR
Přístroje jsou určeny pro rychlou a přesnou analýzu PCR produktů v reálném čase (RT PCR). V jednom běhu přístroje můžeme analyzovat až 96 vzorků. Metodou RT PCR vyšetřujeme trombofilní mutace (vrozené dispozice ke srážlivosti krve), odpověď na hormonální stimulaci u žen, a stanovujeme přítomnost rizikových HLA alel pro celiakii, Bechtěrevovu chorobu a predikci imunogenicity (rychlosti tvorby protilátek) u pacientů s Crohnovou nemocí léčených anti-TNF preparáty.
Pracujeme s těmito přístroji:
- QuantStudio5 (f. Thermo Fisher Scientific)
- Rottor Gene (f. Qiagen)
![QuantStudio5 (f. Thermo Fisher Scientific)](/thumbs/7/1/8/71822a016b154075f33d096525bbf9a3/gi8a9604-524x449.jpg)
![QuantStudio5 (f. Thermo Fisher Scientific)](/thumbs/9/f/4/9f4a0855a7584af43de3440e64f08fc3/gi8a9628-524x449.jpg)
![QuantStudio5 (f. Thermo Fisher Scientific)](/thumbs/9/9/6/99625bcb262a57f3dbe6681c3e08080a/gi8a9639-524x449.jpg)
Sekvenátory pro fragmentační analýzu a přímé sekvenování DNA
Hlavním úkolem tohoto přístroje je přímé (Sanger) sekvenování úseků DNA, tedy stanovení přesného pořadí jednotlivých nukleotidů DNA pacienta v testovaném vzorku, a fragmentační analýza. Metodou přímého sekvenování PCR produktů ověřujeme nálezy patogenních mutací z NGS vyšetření (Onkopanel CZECANCA), neboť každá mutace musí být před vydáním výsledku pacientovi vždy ověřena z jeho druhého (konfirmačního) vzorku.
Dále na přístroji sekvenujeme DNA neslyšících pacientů s cílem najít změny (mutace) v genech odpovědných za vznik dědičné hluchoty. Metodou fragmentační analýzy pak vyšetřujeme mutace genu pro cystickou fibrózu a mikrodelece chromozomu Y. Velmi rychlou metodou QF-PCR zjišťujeme nejčastější aneuploidie chromozomů (21, 18, 13, X a Y) plodu z invazivního vyšetření těhotné ženy (odběru plodové vody, tkáně placenty nebo pupečníkové krve) a tak máme pro pacientky výsledek již druhý den od zákroku. Na tomto principu vyšetření funguje i určování otcovství a genetické příbuznosti osob.
V laboratoři máme tyto přístroje od firmy Applied Biosystems:
- ABI Prism 3130xl Genetic Analyzers – vysokokapacitní se 16 kapilárami
- ABI Prism 3130 Genetic Analyzers – se 4 kapilárami
Metaphase Chromosome Harvester Hanabi PI(výrobce ADS Biotec)
Robotický přístroj umožňuje automatické zpracování až 16 vzorků periferní krve v jednom běhu a následnou přípravu cytogenetických preparátů k vyhodnocení chromozomální výbavy (karyotypu) pacienta.
Automatizace snižuje riziko chyby nebo znehodnocení vzorku a současně zrychluje vyšetření.
![](/thumbs/9/c/6/9c6b56313ebe17ad55ff60d994adbf81/gi8a9425-524x449.jpg)
![](/thumbs/a/3/a/a3ade007dcd848a9d6164d8493cbdca7/gi8a9450-524x449.jpg)
Robotický mikroskop se zásobníkem preparátů(výrobce Applied Spectral Imaging)
Toto zařízení umožňuje automatické vyhledávání velkého množství chromozomálních metafází, jejich snímání, digitální záznam a softwarovou analýzu na dalších počítačových stanicích pro velmi rychlé, přesné a efektivní stanovení karyotypu pacienta z vyšetřovaných vzorků.
![](/thumbs/a/b/f/abf567a9ee8b58c8662d79dd64990424/gi8a9461-524x449.jpg)
![](/thumbs/d/4/c/d4c87cf1dd024a1c79ffe444fa8273fa/gi8a9389-524x449.jpg)
![](/thumbs/3/8/3/383aaaf31609d4a9778abb6fc606ab39/gi8a9392-524x449.jpg)